Införandet av next-generation sequencing (NGS) inom sjukvården möjliggör en snabb och tillförlitlig identifiering och typning av mikroorganismer. Det ökar i sin tur möjligheten att kartlägga smittspridningsvägar och påvisa bland annat antibiotikaresistens.
Den nationella satsningen Genomic Medicine Sweden, GMS, verkar för att stärka svensk sjukvård inom precisionsmedicin. Inom ramen för GMS samverkar regioner, akademin, myndigheter, patientorganisationer, hälso- och sjukvården samt näringslivet.
Paula Mölling
Molekylärbiolog vid Laboratoriemedicin, Universitetssjukhuset Örebro & Nationell projektledare och co-chair för GMS-mikrobiologi.
Foto: Maria bergman
Lars Engstrand
Föreståndare vid Nationellt pandemicenter & co-chair för GMS mikrobiologi Karolinska Institutet.
Foto: Privat
Utvecklar framtidens diagnostik
Vi utvecklar framtidens diagnostik, baserat på bred gensekvensering. Det möjliggör mer individanpassade behandlingsval vid bland annat infektionssjukdomar. Forskarna Paula Mölling (docent) och Lars Engstrand (professor) ansvarar för GMS arbete inom infektionssjukdomar.
Metoder där mikroorganismers arvsmassa undersöks med hjälp av NGS har en stor potential vid klinisk diagnostik och behandling av infektionssjukdomar.
Paula Mölling
– Med NGS kan vissa smittämnen identifieras och resistensbestämmas betydligt snabbare än tidigare. Genom att införa sekvenseringstekniken i sjukvården kan vi minska risken för smittspridning och därmed uppkomst av vårdrelaterade infektioner och samhällssmitta som ofta bär med sig resistensproblematik, säger Paula Mölling.
Kan följa muterade virusstammars smittvägar i realtid
Under Coronapandemin har man runt om i Sverige tillsammans med folkhälsomyndigheten använt NGS till att övervaka vilka varianter som cirkulerar samt i vissa fall även kunnat följa smittvägar av muterade virusstammar av Covid-19.
–För att NGS ska nå sin fulla potential på infektionsområdet krävs en gemensam IT-infrastruktur för datalagring och databearbetning samt uppbyggnad av en nationell databas där metoder och resultat enkelt kan delas över regiongränserna, något som nu byggs upp inom GMS, säger Lars Engstrand.
–Vårt mål är att få en snabb och pålitlig identifiering av mikroorganismer som orsakar infektionssjukdomar samt att nå en nationell samsyn kring karaktärisering av mikrobiella smittämnen. Vi utvecklar därför gemensamma riktlinjer för gensekvensering av ett flertal smittämnen, inklusive SARS-Cov-2 och bidrar till utvecklandet av förbättrade analysmetoder både för mikrobiella helgenomprov från framodlade bakterier men även direkt ur ett patientprov, vilket blir en avsevärd tidsvinst till diagnos, säger Paula Mölling.